Dopo la caduta dell’Impero romano, l’insediamento di Pian di Civita inizierà gradualmente a spopolarsi e pur non venendo completamente abbandonato, perderà gradualmente di importanza a vantaggio dell’abitato sorto sul colle dove si trovava il castello di Corgnitu, dov’è ubicata l’odierna Tarquinia, denominata fino agli ultimi decenni del XIX secolo Corneto. Tanto sull’origine quanto sul nome di Corneto non c’è univocità e nel corso dei secoli sono state formulate molteplici ipotesi. Fatto certo è che su questa collina numerose fossero nel medioevo le piante di corniolo, albero che con i suoi frutti rossi campeggia a tutt’oggi nello stemma del Comune.
Nel medioevo, Corneto sarà un importante porto commerciale e un notevole centro produttore di grano. Un bastione circolare, detto della contessa Matilde, situato presso la porta di Castello, ci ricorda che, nella seconda metà dell’XI sec., fu feudo della contessa di Canossa. Divenne in seguito libero comune, difeso da imponenti mura fortificate (IX-X secc.) oggi ancora percorribili nel perimetro e parzialmente anche su un breve camminamento, che permisero di sostenere trionfalmente l’assedio di Federico II.
La struttura del Palazzo comunale nonostante i molti interventi di restauro ed ampliamento ha ancora un carattere romanico-gotico. Tarquinia conserva, inoltre, numerose torri e meravigliose chiese del XII e XIII secolo come quelle di S. Maria di Castello, S. Martino, S. Pancrazio, Ss. Annunziata, S. Giovanni Gerosolimitano, S. Francesco e S. Giacomo.
Tra i secoli XIV e XV, Corneto fu coinvolta nelle lotte tra papato e impero, fino alla presa di potere, nel 1435, da parte del cardinale Giovanni Vitelleschi, che ne fece una sua signoria, strettamente legata all’autorità papale. Il cardinale fece costruire per la sua famiglia Palazzo Vitelleschi (1436-39), una delle più importanti residenze del primo Rinascimento laziale, utilizzato come alloggio dai pontefici nelle loro soste a Corneto. La costruzione del palazzo apportò un riassetto urbanistico e contemporaneamente un allargamento della cinta muraria e lo sviluppo della città in un Castrum Novum.
All’inizio dell’età moderna, Corneto conobbe un periodo di decadenza causato da due gravi pestilenze che decimarono la popolazione, contemporaneamente ad una drastica riduzione dei traffici commerciali. Solo a partire dal 1656, dopo un terribile incendio, si riprese la ricostruzione del Duomo di S. Maria e S. Margherita, terminato nel 1731. Sorto su un complesso precedente del XII e XIV secolo, conserva ancora i notevoli affreschi cinquecenteschi di Antonio del Massaro, detto il Pastura, raffiguranti le storie della Vergine.
Per dare un nuovo slancio all’economia cornetana, nel XVIII secolo si effettuarono vari interventi fra cui: la ristrutturazione del porto, denominato Porto Clementino, in quanto i lavori furono promossi sotto il pontificato di Clemente XII, distrutto purtroppo durante la Seconda Guerra mondiale; l’implementazione degli impianti per l’estrazione del sale con annesso borgo, oltre alla costruzione di un nuovo acquedotto, ispirato alla tecnica di costruzione romana e le cui sezioni, dei Primi Archi, dei Secondi Archi e delle Arcatelle, sono ancora visibili lungo la strada statale Aurelia bis. Nel 1724, per celebrare la conclusione dei lavori e l’arrivo in città dell’acqua portata dal nuovo acquedotto venne realizzata, in Piazza Matteotti, la fontana monumentale progettata dal Barigioni. Tra i monumenti più significativi del XVIII secolo a Tarquinia troviamo inoltre la chiesa del Suffragio.
Due volte occupata dalle truppe francesi, prima da quelle rivoluzionarie e, quindi, da quelle napoleoniche, nel 1815 Corneto tornò allo Stato Pontificio fino al 1870, quando venne annessa al Regno d’Italia. Dal 1872, la città ebbe il doppio nome di Corneto-Tarquinia, per assumere quello attuale nel 1922. Nel XIX secolo, vennero aperti alcuni impianti industriali, come la cartiera che utilizzava le acque del fiume Marta.